Marie Jacquot wurde in Paris geboren und begann mit fünf Jahren Klavier zu spielen. Darüber hinaus erhielt sie ab ihrem 10. Lebensjahr auch Posaunenunterricht. Neben ihren musikalischen Interessen spielte Jacquot ab frühester Kindheit auch intensiv Tennis und hätte beinahe eine Tenniskarriere eingeschlagen, entschied sich dann aber doch für die Musik.
Im Jahr 2005 wurde sie am Conservatoire National Régional von Paris aufgenommen. Sie studierte Posaune bei David Maquet und Frédérique Potier und absolvierte eine umfassende musikalische Ausbildung mit den Schwerpunkten Musiktheorie, Analyse, Orchestrierung, Komposition, Kammermusik, Chorleitung. Jacquot schloss ihr Studium im Fach Posaune im Jahr 2009 ab; ein Jahr zuvor machte sie außerdem einen Abschluss in Literatur.
Nach ihrem Studium wurde sie an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien aufgenommen, um ihre Kenntnisse im Orchesterdirigieren bei Uroš Lajovic zu vertiefen. Sie nahm aktiv an den Meisterklassen von Ralf Weikert, Betrand de Billy, Fabio Luisi, Zubin Mehta und anderen Dirigenten teil.
Als Gastdirigentin gab sie Konzerte mit dem Sofia Philharmonic Orchestra, dem Polska Filharmonia Bałtycka Gdansk, dem Hradec Kralove Orchestra und dem Teplice Orchestra. Im Juli 2013 war sie während Karlheinz Stockhausens „Michaels Reise um die Erde“ in der Avery Fisher Hall Assistentin des
Dirigenten Peter Rundel, der die Produktion im Rahmen des Lincoln Center Festivals mit dem Ensemble musikFabrik Köln leitete.
Im Juni 2014 schloss sie ihr Studium im Rahmen eines Konzerts mit dem Radio Symphonie Orchester Wien im Goldenen Saal des Wiener Musikvereins ab – ein Ereignis, das den Grundstein für zukünftige Projekte in der österreichischen Musikszene legte. Im August 2014 dirigierte sie das Prager Klassik Orchester, erneut im großen Musikvereinssaal. Im Oktober 2014 gab sie ihr Debüt im Wiener Konzerthaus mit dem Wiener Kammerorchester.
Im Anschluss assistierte Jacquot beim Ensemble PHACE für das Festival Wien Modern sowie beim Ensemble Klangforum und dirigierte beim Ö1-Musiksalon-Kompositionspreis der Österreichischen Nationalbank. Seit dem Wintersemester 2014 ist sie Lehrbeauftragte an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien für die Leitung des sinfonischen Blasorchesters. Für die Saison 2014/2015 erhielt sie den Ryoichi Sasakawa Young Leaders Fellowship Fund, im Sommer 2015 das Albert Tipton Fellowship für das renommierte Aspen Music Festival. Dies ermöglichte es ihr, mit großen Dirigenten wie Robert Spano, Lary Radchleff, Christian Arming und Frederico Cortese zu arbeiten.
Ab 2014 bis 2016 belegte Marie Jacquot ein postgraduales Studium an der Weimarer Hochschule für Musik in der Klasse von Nicolas Pasquet und Markus Frank. Ab Dezember 2015 war sie Assistentin von Kirill Petrenko an der Bayerischen Staatsoper. Ein halbes Jahr später wurde Jacquot Mitglied im Dirigentenforum des Deutschen Musikrats aufgenommen. Im Rahmen der Festspiel-Werkstatt der Bayerischen Staatsoper 2016 dirigierte sie die Premiere der Kammeroper „Tonguecat“ von Saskia Blatt und Torsten Herrmann. Im Oktober trat sie die Stelle als 1. Kapellmeisterin am Mainfranken Theater in Würzburg an.
