Geboren in Mailand, studierte Giovanni Antonini an der Civica Scuola di Musica seiner Heimatstadt und am Centre de Musique Ancienne in Genf. Er ist Gründungsmitglied von Il Giardino Armonico und leitet das Ensemble seit 1989.
Als Dirigent und Solist an der Block- und Traversflöte tritt er in Europa, den USA, Kanada, Südamerika, Australien, Japan und Malaysia auf. Dabei arbeitet er mit Musikern wie Cecilia Bartoli, Isabelle Faust, Viktoria Mullova, Giuliano Carmignola, Giovanni Sollima, Sol Gabetta, Katia und Marielle Labèque und Kristian Bezuidenhout.
Antoninis musikalische Erfolge haben ihn zu einem gefragten Gastdirigenten bei vielen großen Orchestern gemacht. Regelmäßig steht er am Pult der Berliner Philharmoniker, des Royal Concertgebouw Orchestra, Tonhalle-Orchester Zürich, Mozarteumorchester Salzburg, Orquesta Nacional de España, Gewandhausorchester Leipzig und des Kammerorchester Basel.
Opernproduktionen umfassen Mozarts „Le nozze di Figaro“ und Händels „Alcina“ am Teatro alla Scala in Mailand, „Alcina“ am Opernhaus Zürich, Händels „Giulio Cesare in Egitto“ und Bellinis „Norma“ mit Cecilia Bartoli bei den Salzburger Festspielen sowie weitere „Norma“-Produktionen in Salzburg und Zürich. 2016 leitete er in Zürich „Le nozze di Figaro“ und abermals „Alcina“ mit Cecilia Bartoli. Bei den Salzburger Festspielen 2018 dirigiert Giovanni
Antonini Mozarts „Idomeneo, re di Creta“.
Seit September 2013 ist Giovanni Antonini Künstlerischer Leiter des International Festival Wratislavia Cantans in Breslau, wo er mit dem Wroclaw Music Award für die Programmplanung 2014 und große künstlerische Verdienste geehrt wurde.
Mit Il Giardino Armonico hat Antonini Instrumentalwerke von Vivaldi (unter anderem „Die vier Jahreszeiten“) und anderen Komponisten des 17. und 18. Jahrhunderts eingespielt: Bach („Brandenburgische Konzerte“), Biber und Locke beim Label Teldec. Für Naïve nahm er Vivaldis „Ottone in villa“ auf; weitere Veröffentlichungen erfolgten bei Decca, Harmonia Mundi und Alpha Classics (Outhere Music Group). Für Decca Classics nahm er 2013 Bellinis „Norma“ auf. Mit dem Kammerorchester Basel spielt er die gesamten Beethoven-Sinfonien ein; die ersten acht wurden bereits veröffentlicht.
Giovanni Antonini ist künstlerischer und musikalischer Leiter des Projekts Haydn2032, dessen Ziel es ist, alle Haydn-Sinfonien bis 2032 aufzunehmen und in wichtigen europäischen Konzertorten aufzuführen. Die ersten vier Aufnahmen erfolgten mit Il Giardino Armonico: „La Passione“ (November 2014), „Il Folosofo“ (Mai 2015), „Solo e Pensoso“ (August 2016), „Il Distratto“ (März 2017). In 2017 erscheint die fünfte CD L’Homme de Genie, mit dem Kammerorchester.
