Manuel Kundinger studierte zunächst Orgel, Katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik an der Hochschule für Musik in Augsburg. Anschließend vervollständigte er an der Universität der Künste Berlin seine Studien bei Paolo Crivellaro und beendete mit dem Konzertexamen in Orgel. Seine intensive Beschäftigung mit der historischen Aufführungspraxis der Bachschen Orgelwerke führten ihn zu Meisterkursen bei Ludger Lohmann, Stuttgart, sowie Lorenzo Ghielmi, Mailand/Basel.
Ferner erhielt Manuel Kundinger Gesangsunterricht bei Kammersängerin Helena Jungwirth sowie bei Kammersänger Claes H. Ahnsjö, München. Sein Debüt als Baritonsänger erfolgte im November 2007 mit einem Liederabend in Donauwörth. Im Februar 2010 wurde er Preisträger beim internationalen Gesangswettbewerb „Kammeroper Schloss Rheinsberg“, in dessen Folge sein erstes Engagement als Opernsänger am Staatstheater Braunschweig gelang.
Im Juni 2012 schloss er seine Gesangsstudien an der Wales International Academy of Voice bei Dennis O‘Neill CBE und Nuccia Focile mit einem Master of Arts ab. Zudem besuchte er Meisterkurse bei Dame Kiri Te Kanawa, Nelly Miricioiu, Della Jones, Rebecca Evans und Ryland Davies. Im selben Jahr trat der Bariton gemeinsam mit Dame Kiri Te Kanawa, Dennis O‘Neill, Jason Howard und Julja Lezhneva bei einer Operngala an der Welsh National Opera in Cardiff auf.
Manuel Kundingers Repertoire erstreckt sich von diversen Opernrollen über die großen Oratorienpartien bis hin zum Lied, dem er sich seit langem besonders widmet.