In der Konzertsaison 2013/2014 feierte das Orchester sein 40-jähriges Jubiläum. In den Jahren seines Bestehens hat der transparente und lebendige Interpretationsstil des Orchesters nationale und internationale Anerkennung erfahren. Nicht nur in Deutschland, sondern auch auf seinen Konzerttourneen im Ausland hat sich das Bach Collegium München einen großen Namen erspielt und fügt sich damit in die erste Reihe internationaler Ensembles ein. Das Repertoire und die musikalische Bandbreite reichen von den Werken Monteverdis und Händels über Mozart und Beethoven bis hin zu zeitgenössischen Komponisten.
Der Soloviolinist Florian Sonnleitner war von 1979 bis 2017 Künstlerischer Leiter und Konzertmeister des Orchesters. Über die Jahre entwickelte sich das Bach Collegium München in der regelmäßigen und fruchtbaren Zusammenarbeit mit Solisten und Dirigenten von internationalem Rang wie András Adorján, Bruno Weil, Thomas Quasthoff, Peter Schreier, Wolfgang Sawallisch, Mstislaw Rostropowitsch, Dave Brubeck, Jaques Loussier, Margit Price, Michael Volle, Maxim Vengerov, Shlomo Mintz sowie mit herausragenden Chören wie den Regensburger Domspatzen, dem Münchener Bach-Chor und dem Arnold-Schönberg-Chor aus Wien. Seit Herbst 2005 ist das Bach Collegium München gemeinsam mit dem Münchener Bach-Chor unter der Leitung von Hansjörg Albrecht regelmäßig national und international tätig.
Das Ansehen des Bach Collegium München begründete eine musikalische Partnerschaft für Radio- und Fernsehproduktionen u.a. mit ARD, ZDF, dem Tschechischen, Ungarischen und Spanischen Fernsehen. Bachs Johannes- und Matthäus-Passion mit der Chorgemeinschaft Neubeuern und die „Rendez-Vous Nocturne“ von Carl Philipp Emanuel Bach mit Christopher Hogwood gehören zu den musikalischen Höhepunkten der Fernsehproduktionen. Zahlreiche CDs wurden unter den Labels obligat und BMG-Classics produziert.
2009 wurde das Orchester zusammen mit dem Jacques Loussier Trio zum 19. Internationalen Festival „George Enescu“ nach Bukarest eingeladen. Das Rumänische Fernsehen zeichnete das Cross-over-Programm „Bach meets Loussier“ auf. Konzertreisen führte das Orchester in die Metropolen Buenos Aires, Rio de Janeiro, Madrid, Paris, Wien, Rom, Mailand, Prag, Budapest, Moskau, Warschau, Tokyo, Nagasaki, Seoul u.a. 2010 führte das Bach Collegium München gemeinsam mit dem Münchener Bach-Chor unter der Leitung von Hansjörg Albrecht Mozarts Große Messe in c-Moll in der Papstkirche Santa Maria Maggiore in Rom auf. Mit dem von der RAI gesendeten Konzert wurde der Opfer des Erdbebens von 2009 in dem italienischen Bergdorf Onna gedacht.
Den Musikstandort München bereichert das Orchester seit nunmehr 44 Jahren. Das Bach Collegium München und der Münchener Bach-Chor spielten das Weihnachtsoratorium für das ZDF unter der Leitung von Peter Schreier ein. Es ist das letzte Tondokument von Peter Schreier in der Rolle als Evangelist und Dirigent.