Der Organist, Musikwissenschaftler, Cembalist und Dirigent aus Cremona verdankt seine musikalische Ausbildung Musikern von Weltrang wie Ton Koopman, Christopher Stembridge, Vogel, Tagliavini und insbesondere Michael Radulescu, bei welchem er an der Hochschule für Musik in Wien (jetzt Musikuniversität) studierte und mit dem er als Basso Continuo an der Bachakademie von Porrentruy zusammenarbeitete.
Er gewann zahlreiche nationale und internationale Orgelwettbewerbe, darunter den Internationalen Orgelwettbewerb in Pasian di Prato, den Concorso Nazionale Città di Viterbo sowie u.a. in Brügge und beim Paul-Hofhaimer-Wettbewerb in Innsbruck.
Stefano Molardi hat eine glänzende Konzertkarriere eingeschlagen, sowohl als Solist als auch als Kammermusiker mit Ensembles wie dem Venice Baroque Orchestra (Andrea Marcon) oder I Barocchisti (Diego Fasolis), mit Auftritten in der Disney Concert Hall in Los Angeles, Sala Sao Paulo in Brasilien, den Musikverein in Wien, die Carnegie Hall in New York, die Jordan Hall in Boston, das Concertgebouw Amsterdam, das Teatro La Fenice in Venedig etc..
Als Organist konzertierte Stefano Molardi international u.a. bei Musica e Poesia in S. Maurizio (Mailand), dem internationalen Orgelfestival von Treviso, Festival di Valvasone, dem internationalen Festival in Maastricht, Wiener Orgelkonzerte, Festival für historische Orgeln in Thüringen (Arnstadt), internationale Orgelwoche Nürnberg, Festival von Magadino, etc..
Im Jahr 2009 hat er in Lugano sämtliche Orgelwerke von Franz Liszt und César Franck aufgeführt.
Die Diskografie von Stefano Molardi umfasst Aufnahmen für Tactus, Christophorus und Deutsche Grammophon. 2013 schloss er außerdem für das Label Brilliant-Classics die Gesamteinspielung der Orgelwerke von Bach in 15 CDs ab, für die er mehrfach ausgezeichnet wurde, u.a. 5 Sterne vom Musikmagazin Musica.
Er hat einen Lehrstuhl für Orgel am Konservatorium (Musikhochschule) der italienischen Schweiz in Lugano und am Konservatorium von Trapani inne.
Seit 2013 ist er Leiter der Italian Baroque Academy, die sich insbesondere der italienischen Vokal- und Instrumentalmusik des 17. und 18. Jahrhundert widmet und auf historische Aufführungspraxis spezialisiert ist.